북원(北元)은 원나라가 명나라의 주원장에게 밀려 몽골 고원의 초원으로 돌아간 이후의 시기를 부르는 말이다.
1368년 원 순제(토곤 테무르)는 대도(大都)를 버리고 만리장성 북쪽의 상도(上都)로 패주했다.1370년 토곤 테무르는 응창(應昌)에서 훙거했다. 이로써 중국은 명나라에 의해 통일되었다.
토곤 테무르의 아들인 원 소종(元昭宗)은 외몽골로 들어갔고 1372년에 명의 원정군을 격파했다. 그러나 쿠쿠 티무르가 죽고, 나하추가 명에 항복하자 북원의 세력은 더욱 쇠퇴하고, 1388년 브이르 노르의 동북에서 명군에게 대패하였으며, 소종의 뒤를 이은 동생 토구스 테무르도 도우라 강기슭에서 살해되었다. 이로써 쿠빌라이 가문은 단절되었다.